金枪鱼及一些名贵鱼类由于肉中含有大量脂肪，在常温下保存会出现脂肪自溶及氧化现象，尤其是金枪鱼，鱼肉还富含肌红蛋白，因而肉色鲜红，然而由于个体较大，影响其肌肉的冷却速度和冻结速度，极易造成肌肉变色，一般来说，金枪鱼的适当保存期限以高铁氧合肌红蛋白的生成率达20%为界限，因而保存方法极为重要。
目前，金枪鱼合理且常用的保存方法主要有两种：
1、冰鲜法：鱼身覆盖碎冰，保存温度：-2～-4℃，保存期限7-14天
2、冻结法：超低温环境保存，
保存温度：-20℃，保存期限7-14天;
保存温度：-40℃，保存期限30-60天
保存温度：-60℃，保存期限6-12个月
保存温度：-80℃，保存期限＞24个月
海钓金枪鱼，钓到金枪鱼经过放血、清理后一般会先放入冰窖冰鲜保存，到岸后通过碎冰保存的方法运输到目的地，整个过程一般会在3-4天；金枪鱼运回后会马上放入
超低温冰箱降温保存。